Phalaenopsis aphrodite à été décrit et illustré pour la toute première fois par Kamel sous le nom de Visco-aloes luzonis decima quarta dans l'ouvrage de John Ray Historia Plantarum en 1704.
Puis, lors de son introduction en Europe Phalaenopsis aphrodite a été confondu par Lindley avec Phalaenopsis amabilis. Il est illustré et décrit sous ce nom dans le Botanical Register en 1838.
Les choses auraient du rentrer dans l'ordre avec la mise au point de Reichenbach fils dans Hamburger Garten-und Blumenzeitung 18: 35 (1862) mais il a fallu attendre 2003 pour que l'organisation en charge de l'enregistrement des hybrides reconnaisse Phalaenopsis aphrodite pour une espèce. La confusion perdure encore dans certains ouvrages et dans quelques catalogues.
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